药师佛所设净土为东方净琉璃世界，大地纯以琉璃所铺，毫无尘埃，道路又以金绳分界，城墙、宫殿、楼台都以七宝(金、银、琉璃、玻璃、砗磲、赤珠、玛瑙)所作而成，清净庄严，殊妙无比。慈悲接引无量无边苦难众生，往生药师佛国，离苦得乐，闻法修行。
药师佛能消灭灾难，绵延寿命，所以也常被世人尊称为“消灾延寿药师佛”。但其真正的佛号是“药师琉璃光如来”，佛国有二大菩萨，一名为日光遍照菩萨，一名为月光遍照菩萨，护持佛法，与药师如来佛并称为“东方三圣”。世人欲求消灾延寿，健康平安，可至心持念“南无消灾延寿药师佛”或“南无药师如来佛”，必蒙慈佑。
药师如来十二大愿：
第一大愿：愿我来世成佛时，自身能放大光明照耀无量无数无边世界。
第二大愿：愿我来世成佛时，身如琉璃晶莹透彻，毫无瑕疵与垢秽，光明普照幽冥苦恼众生，使他们蒙受利益，开晓智慧。
第三大愿：愿我来世成佛时，要以无量无边智慧方便，使一切有情众生受用不尽。
第四大愿：愿我来世成佛时，若有众生行于邪道，使他早日皈向正道;若有修道者行于小乘法，使他早日皈向大乘，普渡众生永不退转。
第五大愿：愿我来世成佛时，若有无量无边众生，在修行之中不小心冒犯戒律，只要听闻药师如来佛的名号，即得清净，不必因犯戒而堕入恶道之中。
第六大愿：愿我来世成佛时，若有众生病苦缠身，只要听闻药师如来佛的名号，进而至心持念南无药师如来佛，便能使病痛转轻，病苦消除。
第七大愿：愿我来世成佛时，若者众生流浪他乡，身患重病，寻亲不着，无钱就医，只要听闻药师如来佛名号，更至心称念南无药师如来佛，不但重病渐消，更能早日寻到亲人。
第八大愿：愿我来世成佛时，若有众生对于自己的身相未尽满意，只要听闻药师佛名号，更至心称念南无药师如来佛，来生转世即得丈夫身，福德智慧具足。
第九大愿：愿我来世成佛时，若有众生堕入邪魔恶道，当引导他们早日脱离魔窟，转修菩萨道，早日证得无上正等正觉之佛位。
第十大愿：愿我来世成佛时，若有众生冤枉被判犯罪，受尽侮辱欺凌，只要听闻药师佛名号，进而至心持念南无药师如来佛，能使冤枉渐渐化解，苦难消除。
第十一大愿：愿我来世成佛时，若有众生在饥渴难耐下，为求饮食，而造下种种恶业，只要听闻药师佛名号，至心持念南无药师如来佛，当能早日得到贵人之助，得到饮食，不再有饥渴之苦。
第十二大愿：愿我来世成佛时，若有众生因为贫穷，无衣可穿，无棉被可盖，无蚊帐可挂，只要听闻药师佛的名号，及至心持念南无药师如来佛，即能早日遇着贵人，得到衣服、棉被、蚊帐过着安适的生活。
以上是药师如来佛的十二大愿，这只是大略的述说而已，因为凡是由菩萨道中修成佛果，都必须具备慈悲喜舍，博济众生，弘慈大愿。因此佛的慈悲是无限大的，佛的愿力也是无限大的。
众生病痛可持药师陀罗尼，大陀罗尼即是总持一切法、一切功德，消灭一切罪恶、一切业障。释迦牟尼佛在《药师琉璃光如来本愿功德经》中有详细叙述。
药师咒(药师灌顶真言)：
南谟薄伽伐帝(nā mó bó qié fá dì)。鞞杀社(pí shā shè)。窭噜薛琉璃(jù lǔ bì liú lí)。钵喇婆(bō lá pó)。喝啰阇也(hé là shé yě)。怛他揭多也(dá tuō jiē duō yě)。阿啰喝帝(ā là hē dì)。三藐三勃陀耶(sān miǎo sān bó tuó yě)。怛侄他(dá zhí tuō)。唵(ōng)。鞞杀逝(pí shā shì)。鞞杀逝(pí shā shì)。鞞杀社(pí shā shè)。三没揭帝莎诃(sān mó jiē dì suō hē)。
凡是想为亲友消灾、延寿、治病，首先必须洗澡嗽口，一心虔诚，然后将病人要服的汤药或开水，放在持咒之人的前面，然后持大陀罗尼咒文一百零八遍，再给病人服用，可减轻病人疼痛，甚至病苦消除。
药师法门仪规：
药师净土修持课仪，分为七门。其中，礼敬、赞叹、供养、回向、发愿，必须行之;诵经、持名、持咒，可随己意，或惟修二法，或仅修一法，皆可。
一、礼敬
十方三宝一拜，或分礼佛、法、僧三拜。本师释迦牟尼佛一拜，药师琉璃光如来三拜。此外若欲多拜，或兼礼敬其他佛菩萨者，随己意增加。礼敬之时，须至诚恭敬，缓缓拜起，万不可匆忙，宁可少拜，不可草率。
二、赞叹
礼敬既毕，于佛前长跪合掌，唱赞偈云：“归命满月界，净妙琉璃尊，法药救人天，因中十二愿，慈悲弘誓广，愿度诸含生，我今申赞扬，志心头面礼。”上赞偈出《药师如来消灾除难念诵仪轨》，唱赞之时，声宜迟缓，宜庄重。
三、供养
赞叹既毕，于佛前长跪合掌，唱供养偈云：“愿此香花云，遍满十方界，一一诸佛土，无量香庄严，具足菩萨道，成就如来香。”供养毕，或随己意增诵《忏悔文》，或可略之。
四、诵经
字音不可讹误，宜详考之。诵经时，或跪或立，或坐或经行，皆可。
五、持名
先唱赞偈云：“药师如来琉璃光，焰网庄严无等伦，无边行愿利有情，各遂所求皆不退。”续云“南无东方净琉璃世界药师琉璃光如来”，以后即持念“药师琉璃光如来”名号一百八遍，若欲多念者随意。
六、持咒
或据经中译音持念，或别依师学梵文原音持念，皆可。或念全咒一百八遍;或先念全咒七遍，继念心咒一百八遍，后复念全咒七遍。心咒者，即是咒中唵字以下之文(唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃)。未经密宗阿阇黎传授，不可结手印，擅结者有大罪。持咒时，不宜大声，惟令自己耳中得闻。持咒时，以坐为正式，或经行亦可。
七、回向发愿
回向与发愿大同，故今并举。其稍异者，回向须先修功德，再以此功德回向，惟愿如何云云。若先未作功德者，仅可云发愿也。回向发愿，为修持者最切要之事。若不回向，则前所修之功德无所归趣。今修持药师如来法门者，回向之愿各随己意。凡《药师经》中所载者皆可发之，应详阅经文，自适其宜可耳。以上所述之修持课仪，每日行一次或二次三次。必须至心诚恳，未可潦草塞责。印光老法师云：“有一分恭敬，得一分利益;有十分恭敬，得十分利益。”吾人修持药师如来法门者，应深味斯言，以自求多福也。
