《药师经》，全名《药师琉璃光如来本愿功德经》，由唐三藏法师玄奘奉诏译为中文。和《地藏经》一样，《药师经》是赞叹药师佛行愿的佛经，是大乘经典之一。

　　《药师琉璃光如来本愿功德经》等所说的东方药师佛居住教化的琉璃世界，也是佛教徒所向往的理想国土。那里的地面由琉璃构成，连药师佛的身躯，也如同琉璃一样内外光洁，所以称琉璃世界。佛经上说此世界和西方极乐世界一样，具有说不尽的庄严美妙；那里没有男女性别上的差异，没有五欲的过患；琉璃为地，金绳界道；城垣、宫殿都是七宝所成。人们只要在生前持诵《药师经》，称念药师佛名号，并广修众善，死后即可往生琉璃世界。

　　药师法门以读诵《药师琉璃光如来本愿功德经》，念药师咒，念南无药师琉璃光如来名号为根本，法门殊胜。修药师法门的人切记多多帮助病苦的人，多多施药关心病人，如经所说而行。如法修持，获福无边。

　　药师法门是现生就能得福慧的法门。药师佛行菩萨道时发十二大愿，令我们发挥财富，所求皆得。

　　《药师忏》是以药师如来为本尊而举行的忏悔罪障的修行法门，是依据《药师如来本愿功德经》而作成的一种忏法。

　　《药师忏》正是说明药师如来的誓愿而离苦得乐的行法，是天溪大觉寺受登在康熙三年（1664）纂集，称为《药师三昧行法》。《药师三昧行法》内容包括：（1）定名，叙述药师三昧名称的缘由；（2）劝修，劝诫修习本三昧，则所求长寿、富饶、官位、男女等，皆得顺遂；（3）方法，揭示供养药师如来的方法；（4）释疑，因当时住生西方净土的思想极为流行，所以作释疑，以肯定本行法为致福消灾之要法及明心作佛的秘典。

　　由于《药师三昧行法》的文字说明太多，而且行仪不够详细，所以后来又有人重新编纂了《消灾延寿药师忏法》三卷，现代寺院举行药师法会，多用此本。在《消灾延寿药师忏法》开头，首先严净坛场，唱《杨枝净水赞》，念《大悲咒》若干遍，绕坛场一周，然后唱回向偈。其次，开忏头，这是清代以来各种忏法比较常见的仪式，唱《炉香赞》及各种供养偈，最后宣读文疏。在《消灾延寿药师忏法》每一卷中，都是先礼拜“南无毗卢遮那佛、南无本师释迦牟尼佛、南无药师琉璃光如来…”等三宝，接着念一段忏悔文，然后念《药师灌顶真言》七遍或四十九遍，最后唱《药师赞》。

　　《消灾延寿药师忏法》是现代佛教经常使用的忏法，许多居士在生日及祈福的时候，都请僧人们礼拜此忏。